En février 2016, les 2.000 habitants de Champignelles, alimentés par le captage de Louesme, ont été obligés de s'hydrater avec de l’eau en bouteille durant cinq semaines en raison d'un taux anormalement élevé en métazachlor, un herbicide. L’UFC-Que Choisir a publié, en janvier 2017, une étude sur la qualité de l’eau du robinet en France.
L'Yonne figure parmi les départements les plus pollués de France avec des teneurs en nitrates et en pesticides très importantes dans 70 communes. Selon le comité départemental de l'eau, 40 captages posent problèmes dans le département. Ce problème de pesticides dans l'eau se retrouve dans toutes les zones d'agriculture intensive du département notamment à Auxerre (captages de la plaine du Saulce et de la plaine des Isles) mais aussi à Charbuy, Mailly-la-Ville, Tannerre-en-Puisaye... La contamination par les nitrates, suite à l'épandage d'engrais azotés et de lisier, touche 17 communes. L'étude pointe du doigt sept communes qui cumulent pollution aux nitrates et aux pesticides comme à Bazarnes, Brienon-sur-Armançon, Chitry, Champlay, Champvallon, Neuilly... Dans ces communes, il est plutôt conseillé de boire de l'eau en bouteille. Ce problème est systémique puisqu'il se répercute sur la qualité de l'air avec les pesticides et les cocktails de molécules chimiques mais aussi sur la disparition inquiétante de la biodiversité avec les abeilles, les plus emblématiques. Des études épidémiologiques ont mis en évidence les conséquences dangereuses sur la santé, avec notamment l'apparition de cancers (leucémie...), d'effets neurologiques et de troubles de la reproduction (stérilité, avortement, malformations, perturbation du système hormonal, ...).
Afin de réduire cette pollution chronique de l'eau dans l'Yonne, le mouvement citoyen de la France Insoumise a développé son programme présidentiel, soutenu par Jean-Luc Mélenchon, qui, dans la mesure 45, annonce « Sauver l'écosystème et la biodiversité : gérer durablement l'eau, bien commun essentiel à toute forme de vie, lancer des programmes de dépollution des cours d'eau » et dans la mesure 46 « Développer l'agriculture biologique, proscrire les pesticides chimiques en commençant par une interdiction immédiate des plus dangereux (glyphosate, néonicotinoïde...) ». Il est urgent d'établir une « loi-cadre instaurant une planification écologique, démocratique et articulant le niveau national et local dans un processus de transition écologique ».